经过南国小岛上和鹰冈的决斗，3年E班的各位与杀老师（福山润 配音）的关系进一步拉近。虽然暗杀活动仍在继续，然而这似乎已经变成了师生之间互动玩乐的重要环节。以茅野枫（洲崎绫 配音）为代表的学生们又开始策划更加精彩的暗杀陷阱。除此之外，他们帮助比琪老师（伊藤静 配音）追求乌间惟臣（杉田智和 配音），又或者磨刀霍霍与A班的精英们展开荣誉与尊严之战。与此同时，白先生带领堀部系成（绪方惠美 配音）卷土重来，而神秘的死神则将E班推向各位凶险的境地。随着最后期限一天天逼近，杀老师和学生们的关系变得愈加微妙……　　本片根据松井优征的超人气漫画改编

一个陌生又充满乐趣冒险的暗杀组。杀手们回来了，但是这次他们有魔法了？！在这个全新的系列中，3年E班的孩子们在魔法学校学习剑术和魔法。他们的任务是什么？打败邪恶的恶魔之王老师和危险的魔法学校的考试

故事发生在椚丘中学三年E班，表面上，这是一个普通的班级，然而实际上，这里聚集着的均是技艺高超冷酷无情的杀手。每一年，他们通过特殊渠道接收着来自世界各地的暗杀任务，替各国首脑“排忧解难”，而这一次，他们有了一个统一的目标——刺杀班主任杀老师（福山润 配音）。　　杀老师是一个神奇的存在，它的外表并非人类，却有着及其敏感的神经和及其迅速的反应力，没有人知道它从哪里来，也没有人知道，它为何会变成三年E班的班主任。因为想要毁灭地球，杀老师成为了暗杀名单上的高价悬赏人物，而作为三年E班的学生，只要成功消灭杀老师，即可毕业。就这样，围绕着这位神秘的老师，充满了危险的日常就此展开

某日，拥有“魔王因子”的魔王候补·春日新，无意中触碰到TRINITY SEVEN之一·浅见莉莉斯的魔道书《赫耳墨斯外典》，在那瞬间被耀眼的光包围，眼前出现了一名神秘少女。　　被命名为“莉莉姆”，将新和莉莉丝当成双亲来尊敬的少女。但，在少女出现的同时，世界发生了异变——
　　觉醒的禁忌之“悠久图书馆”。 炼金术的究极产物——经由人之手创造的“白色魔王”被封印在那里。
　　“白色魔王”为了成为真正的魔王，而企图将新与TRINITY SEVEN抹杀
　　在拥有前所未有的强大力量的“白色魔王”面前，世界的崩坏以及走投无路的危机袭向新等人——
　　新与TRINITY SEVEN能够保护这个世界吗？