在這眾人都會魔法的世界，魔力高低成為了衡量地位的標準，而不會使用魔法的人則會遭到處決。馬修天生不會使用魔法，被養父藏匿起來照顧。他為了自己跟家人能平安生活，決定用長年鍛煉出來的一身肌肉與世界抗衡80s

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影…

自从超大型巨人出现，人类的和平与幻想被打破的那天开始，艾伦·耶格尔无尽战斗的日子就未曾中断……。毫无抵抗之力，眼睁睁看着母亲成为巨人的饵食，发誓将巨人一个不剩地从世上驱逐的艾伦。但，在残酷战斗的途中，他自己也变成了巨人的姿态——。为了夺回人类的自由而驱使巨人之力的艾伦，在席纳之墙的史托黑斯区与“女巨人”交锋。这场巨人之间的激烈战斗，由艾伦艰难地取得了胜利。即使如此，艾伦以及人类也没有休息的时间。下一场战斗已经宣告开幕。面对逼近罗塞之墙的大群巨人，人类将如何对敌！

历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。在墙壁的另一侧，似乎有前所未见的世界延伸开来。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。在时间流转，墙壁被巨人毁坏的现在，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，西斯托利亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，建立新体制的利威尔班。最强最恶的敌人，阻拦在开始行动的他们面前

为了赢得真正的胜利，调查军团决定执行夺回玛利亚之墙的作战。作战内容是利用艾伦的硬质化能力将位于玛利亚之墙希干希纳区城墙上的破洞封住。而且还要查明沉睡在艾伦老家地下室的「真相」。但是，「野兽巨人」等巨人就在那里等着他们

在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……

幽灵军团的黄泉（中村秀利 配音）通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉（加藤精三 配音），希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑（藤村歩 配音），并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）、宁次（遠近孝一 配音）和小李（増川洋一 配音）受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……　　本片为《火影忍者》第四部剧场版动画。